При автоматическом слиянии ваших изменений, если у git'a возникли конфликты, придется делать слияние вручную. Для удобного графического управления слиянием служат инструменты mergetool. Их есть несколько, но мы поговорим о meld.
Как известно, со многими unix системами, meld устанавливается по умолчанию и его просто нужно задать git'у. Что делать, если у вас Windows? Правильно! Установить самим, а потом так же задать git'у в качестве mergetool.